Moğol İmparatorluğu: Çağatay Hanlığı

Cengiz'in ölümünden sonra oğlu Çağatay Han, Beşbalığ'dan Ceyhun'a uzanan Türkistan'ın tamamını içine alan bölgede Çağatay Hanlığı'nı kurmuştur. Çağatay Hanlığı'nın en parlak dönemi, otuz yıl istikrarlı bir yönetim gösteren Duva Han dönemidir. Duva Han'dan sonraki dönemde kuruluş dönemindeki sorunlar yeniden ortaya çıkmıştır. Mübarek Şah Müslüman olan ilk Çağatay hanı olmuş ve Kazan Timur Halilullah Han'dan sonra Çağataylıların tamamı İslamiyet'i benimsemiştir.

Başkentin Maveraünnehir'e nakledilmesinden sonra idarede İslam tesiri iyice artmıştır. Kazan Timur'un ölümünden sonra devlet yönetimi emirlerin eline geçmiştir. Böylece merkezi gücü iyice zayıflamış; başta Çağatay soyundan bir han bulunmakla beraber emirler bunları istedikleri gibi yönlendirmişlerdir. Tuğluk – Timur Han'ın zamanında, hanlık bir ara kendini toparlamışsa da emirlerin iktidarı Timur devletinin kurulmasına kadar devam etmiştir. Türkistan'da konuşulan dil Çağatay Hanlığı'nın dili olan Çağatay Türkçesi'dir.